Oportunidades de Dissertação Anteriores
i3s

Instituição: i3s
Nome do Responsável: Nuno Henrique Franco
Contacto: nfranco@i3s.up.pt
Tema da Dissertação: COMM-FI – Wireless Remote Monitoring and Thermal Regulation Shelter for Laboratory Rodents
Descrição da Dissertação: Desenvolvimento de dispositivo (a partir de protótipo já existente) para manutenção e monitorização de temperatura e sinais clínicos de animais de laboratório, com aplicação no período pós-cirúrgico, mas também de acompanhamento de estados infecciosos e outros. Grande potencial para ter impacto mensurável no bem-estar animal e de translação para outros domínios (e.g. medicina veterinária). Co-orientado por Joaquim Gabriel Mendes, líder do grupo de automação, instrumentação e controlo, da FEUP.
Período: Setembro/Outubro de 2025 – Maio/Junho de 2026
i3s - Grupo de ativação celular e expressão génica

Instituição: i3s – Grupo de ativação celular e expressão génica
Nome do Responsável: Alexandre Carmo
Contacto: acarmo@i3s.up.pt
Áreas de atuação: Grupo de Ativação celular e expressão génica
Tema da Dissertação: Role of CD5L in inflammation
Descrição da Dissertação: Sepsis remains a leading cause of death worldwide, presenting a significant challenge to global health despite extensive research efforts. This syndrome is characterized by an uncontrolled inflammatory response, which is frequently followed by immunosuppression.While sepsis can be triggered by a variety of microorganisms, bacterial lung infections account for a substantial proportion of these cases. Members of the scavenger receptor cysteine-rich (SRCR) family exhibit notable antiinflammatory properties, in addition to their role in pathogen recognition. One such protein, CD5L, circulates in the blood and has been linked to the recognition and neutralization of both Gram-positive and Gram-negative bacteria. Furthermore, CD5L has been shown to modulate inflammation in both in vitro and in vivo models. Our recent research demonstrated that CD5L improves survival in murine models of sterile and abdominal sepsis. In light of these findings, we now aim to enhance the relevance of preclinical models by investigating CD5L’s role in primary and secondary pulmonary sepsis, using clinically relevant pathogens. To achieve this, we will use CD5L-deficient and wild-type control mice to establish two sepsis models: 1) primary lung infection with the Gram-negative bacterium Klebsiella pneumoniae, and 2) a “double-hit” model that involves a primary insult (e.g., abdominal surgery) followed by secondary lung infection with Pseudomonas aeruginosa, the most common pathogen responsible for intensive care unit-acquired pneumonia. We will then analyze the molecular and cellular responses in the presence and absence of CD5L in these models. In the bloodstream, CD5L binds to IgM pentamers through the Fc region, preventing renal excretion and thereby maintaining high serum levels. However, this interaction renders CD5L immunologically inactive. Our previous work demonstrated that increasing the levels of free, biologically active CD5L is crucial for its protective effects against lethal sepsis. To address this, we will engineer the protein by selecting relevant domains and introducing point mutations to key residues, thereby enhancing its bioavailability without compromising its therapeutic efficacy. This comprehensive approach will deepen our understanding of CD5L’s role in sepsis and provide valuable insights for the development of much-needed therapeutic interventions against this deadly condition.
Período: Setembro a Junho/Julho
BestHealth4U

Instituição: BestHealth4U
Nome do Responsável: Nelson Oliveira
Contacto: sonia.ferreira@besthealth4u.pt 939362036
Área de atuação: Informática Médica
Tema da Dissertação: Informática Médica
Descrição da Dissertação: Desenvolvimento de algoritmo para monitorização remota de feridas.
Período: 2025/2028
Safe AI [4U]

Instituição: Safe AI [4U]
Nome do Responsável: David Belo
Contacto do Responsável: david.belo@safe-ai-4u.eu
Área de atuação: IA aplicada à Geração de dados fisiológicos sintéticos.
Tema da Dissertação: Geração de dados fisiológicos sintéticos (ECG, EMG ou ACC)
Descrição da Dissertação: A geração de dados fisiológicos utilizando inteligência artificial (IA) representa um campo promissor para a melhoria da investigação biomédica, monitorização de pacientes e desenvolvimento de modelos de aprendizagem automática robustos para aplicações em saúde. Esta tese explora técnicas de síntese de sinais fisiológicos, como eletrocardiogramas (ECG), eletroencefalogramas (EEG) e fotopletismogramas (PPG), utilizando modelos generativos, incluindo Autoencoders Variacionais (VAEs) e Redes Generativas Adversariais (GANs). O estudo investiga o potencial dos dados fisiológicos sintéticos na melhoria das ferramentas de diagnóstico baseadas em IA, reduzindo a dependência de dados reais de pacientes e enfrentando desafios relacionados com a escassez de dados e a privacidade. A abordagem proposta foca-se na garantia de realismo, variabilidade e relevância clínica dos sinais gerados, assegurando simultaneamente a conformidade com normas éticas e regulamentares. Adicionalmente, este trabalho avalia a aplicação de dados fisiológicos sintéticos no treino de modelos de aprendizagem automática, analisando o impacto no desempenho dos modelos, na capacidade de generalização e na mitigação de viés. São exploradas metodologias de validação, comparando os sinais gerados com conjuntos de dados reais através de métricas estatísticas e clínicas. Os resultados desta tese contribuem para o avanço da geração de dados fisiológicos por IA, permitindo uma investigação biomédica mais segura, acessível e preservadora da privacidade. Esta investigação abre caminho para futuros desenvolvimentos na medicina personalizada, monitorização remota da saúde e diagnósticos assistidos por IA, promovendo, assim, a inovação na interseção entre inteligência artificial e cuidados de saúde.
Período: Qualquer Semestre
CardioID Technologies

Instituição: CardioID Technologies
Nome do Responsável: André Lourenço
Contactos: arl@cardio-id.com
Área de atuação: Processamento de Sinais Cardiacos e Certificação de Dispositivos
Tema da Dissertação: Processamento de Sinais Cardiacos e Certificação de Dispositivos
Descrição da Dissertação: Existe flexibilidade para acolher várias ideas
Período: Semestre Verão e Semestre Inverno
LIBPHYS Biosignals

Instituição: LIBPHYS Biosignals
Nome do Responsável: Hugo Gamboa
Contacto: hgamboa@fct.unl.pt
Área de atuação: Engenharia Biomédica
Tema da Dissertação: Avaliação do impacto de exercício físico com Biofeedback sonoro.
Descrição da Dissertação: Tese no âmbito do projecto AstroPower – Para processar os dados das aquisições do projeto astropower, com medidas de eletrofisiologia em analogos idosos (sujeitos com condições clinicas identicas às experienciadas pelos astronautas). Apoio na sonificação dos biosinais para estimular a geração de potência muscular. Ver mais em www.astro-power.pt. Projeto financiado pela ESA.
Período: 6 meses, a definir com o aluno.
Inovapotek

Instituição: Inovapotek
Nome do Responsável: Clara Costa
Contacto do Responsável: clara.costa@inovapotek.com
Área de atuação: Ensaios de eficácia e segurança.
Tema da Dissertação: Ensaios de eficácia e segurança e ou desenvolvimento do produto e assuntos regulamentares
Descrição da Dissertação: Ensaios de eficácia e segurança e ou desenvolvimento do produto e assuntos regulamentares.
Período: Flexibilidade total
ICNAS/CIBIT

Instituição: ICNAS/CIBIT
Nome do Responsável: Miguel Castelo-Branco
Contactos: mcbranco@fmed.uc.pt
Área de atuação: Imagem Biomédica.
Tema da Dissertação: Imagem biomédica (tema a definir)
Descrição da Dissertação: A definir com o candidato.
Período: Durante o ano lectivo em que esteja matriculado nessa disciplina
Comentário Adicional: contactar directamente o responsavel para saber das oportunidades.
Micoteca da Universidade do Minho - Centro de Engenharia Biológica

Instituição: Micoteca da Universidade do Minho – Centro de Engenharia Biológica
Nome do Responsável: Nelson Lima
Contacto: nelson@ie.uminho.pt
Área de atuação: Biologia Molecular
Tema da Dissertação: Técnicas espectrais e de biologia molecular para rápida identificação de fungos filamentos.
Descrição da Dissertação: poderá ser somente centrada na tecnologia de LAMP (biologia molecular).
Período: de acordo com o calendário escolar da instituição ao que o aluno pertence.
Comentário Adicional: a 1 de Maio a MUM inicia um novo projeto europeu sobre MALDIBank, interligado com técnica de MALDI-TOF MS.
ICVS- Life and Health Sciences Research Institute

Instituição: ICVS- Life and Health Sciences Research Institute
Nome do Responsável: Maria Isabel Veiga
Contacto do Responsável: mariaveiga@med.uminho.pt
Área de atuação: Área de Biomedicina.
Tema da Dissertação: Área de Biomedicina.
Descrição da Dissertação: Sendo este formulário preenchido em nome do instituto, os temas de dissertação serão já bastantes amplos.
Período: 12 meses do ano.
Value for Health CoLAB

Instituição: Value for Health CoLAB
Nome do Responsável: Federico Guede
Contactos: federico.guede@vohcolab.org
Área de atuação: Artificial intelligence in healthcare.
Tema da Dissertação: Artificial intelligence in healthcare.
Descrição da Dissertação: 1) Research AI approaches in healthcare;
2) Study the adoption of AI in healthcare context;
Período: 2025/2026
Fundação Champalimaud

Instituição: Fundação Champalimaud
Nome do Responsável: Miguel Seabra
Contacto: miguel.seabra@research.fchampalimaud.org
Área de atuação: Engenharia Biomédica
Tema da Dissertação: mRNA-based gene editing in the eye
Descrição da Dissertação: Our research group is focused on developing low-cost solutions to gene therapy in the eye so that the benefits of this powerful treatment may be available globally. The strategy is based on adapting mRNA technology to inherited eye diseases and numerous chronic retinal diseases. Our lab has been investigating approaches to combine the in vitro mRNA system delivering gene editing toolswith biomaterial-based systems as a patient-friendly therapy.
Período: Flexível
Instituto de Sistemas e Robótica

Instituição: Instituto de Sistemas e Robótica
Nome do Responsável: Helder Araújo
Contacto do Responsável: helder@isr.uc.pt
Área de atuação: Aplicações de “deep learning”
Tema da Dissertação: Detecção de Patologias em Imagens de Cápsulas Endoscópicas.
Descrição da Dissertação: Aplicações de “deep learning” ou Desenvolvimento de métodos de localização.
Período: 1º ou 2º semestre de 2025/2026.
Cellularis Biomodels

Instituição: Cellularis Biomodels
Nome do Responsável: Professor Dr. Vítor Gaspar
Contactos: cellularis.biomodels@outlook.com
Área de atuação: Engenharia Biomédica.
Tema da Dissertação: Engenharia Biomédica
Descrição da Dissertação: Tema flexível no âmbito da atividade e atuação da empresa, nomeadamente na cultura celular 3D e no desenvolvimento de modelos in vitro de doenças humanas, utilizando diversas técnicas de biofabricação e de engenharia de tecidos.
Período: 9-12 meses
NOVA Medical School, Universidade NOVA de Lisboa

Instituição: NOVA Medical School, Universidade NOVA de Lisboa
Nome do Responsável: Duarte Barral
Contacto: duarte.barral@nms.unl.pt
Área de atuação: Lysosomal Exocytosis in Cancer Progression
Tema da Dissertação: Elucidating the Function of Lysosomal Exocytosis in Cancer Progression
Descrição da Dissertação: The elevated mortality rates associated with cancer are mainly due to the acquisition of invasive capacity by cancer cells, enabling them to spread to distant organs and form metastases. As such, the development of novel therapies targeting cancer cell invasion and metastasis is crucial for mitigating cancer-related morbidity and mortality. In order to achieve this objective, it is essential to understand the molecular mechanisms governing cancer cell invasion and metastasis formation. Recent studies have revealed that various cancer cell types exhibit enhanced lysosome biogenesis, aberrant lysosome morphology and/or activity, and a redistribution of lysosomes from the perinuclear region to the cell periphery, resulting in increased lysosome exocytosis. This allows the release of lysosomal proteases to the extracellular milieu, enhancing extracellular matrix degradation and thus cancer progression, as well as drug resistance. While the association between lysosomal exocytosis and cancer progression is evident, the precise mechanisms controlling these processes remain to be fully elucidated. Further research in this area could potentially unveil novel therapeutic strategies to impair metastasis formation and enhance patient survival. Indeed, targeting lysosomal exocytosis or its regulatory pathways may offer promising avenues for cancer treatment, particularly in addressing invasiveness and chemoresistance in aggressive tumors. Therefore, we aim to: 1) Modulate lysosome exocytosis as a novel therapeutic strategy to impair cancer cell migration and invasion; 2) Establish new cancer diagnostic and prognostic biomarkers, based on the expression levels of lysosome exocytosis regulators. For this, lysosome exocytosis will be impaired in invasive cancers cell lines using genetic and pharmacological approaches. For the genetic approach (Task 1), we will silence known regulators of lysosome exocytosis, such as Rab small GTPases and other genes encoding proteins required for lysosome tethering, docking and fusion with the plasma membrane. In the pharmacological approach (Task 2), cancer cells will be incubated with compounds described to impair lysosome exocytosis. Lysosome exocytosis levels will be monitored by the presence of the lysosomal-associated membrane protein (LAMP)-1 at the cell surface, using flow cytometry, and by measuring the release of the lysosomal enzyme β-hexosaminidase to the culture medium, using an enzymatic assay. Then, we will evaluate cancer cell migration and invasion in 2D, using wound-healing and transwell assays, as well as in 3D, using spheroids (Task 3). Finally, we will use cancer patient samples to evaluate the expression levels of regulators of lysosome exocytosis by western blot and immunohistochemistry (Task 4). Thus, this project will allow us to test a new strategy to impair cancer cell invasiveness, which is an essential process in metastasis formation, and evaluate the use of lysosome exocytosis regulators as cancer biomarkers.
Período: Ano letivo 2025-2026.
International Iberian Nanotechnology Laboratory

Instituição: International Iberian Nanotechnology Laboratory
Nome do Responsável: Ana Ribeiro
Contacto do Responsável: ana.ribeiro@inl.int
Área de atuação: Organ-on-a-chip and skin–microbiome interaction.
Tema da Dissertação: Scalable Skin-on-Chip Platforms for High-Throughput Screening: Accelerating Safer Cosmetics Development Are you interested in merging cutting-edge biophysics with impactful applications in pharmaceutical and cosmetic industries? At the International Iberian Nanotechnology Laboratory, we are developing scalable skin-on-chip platforms designed for high-throughput screening of cosmetics. These advanced microfluidic systems mimic the complexity of human skin, providing physiologically relevant models that can revolutionize product testing. Our research focuses on integrating real-time sensing technologies and automated workflows to evaluate critical parameters such as barrier integrity, metabolic activity, and cellular responses under various conditions. By enabling rapid and reliable assessment of safety and efficacy, our platforms not only enhance product development efficiency but also align with the principles of the 3Rs (Reduce, Refine, Replace), minimizing reliance on animal testing. Join us in this exciting journey at the interface of biophysics, engineering, and toxicology, where your work can drive innovation, improve safety standards, and contribute to a more ethical and sustainable future in science and industry. We invite motivated master’s students in biophysics and related fields to be part of this multidisciplinary research, offering opportunities to develop expertise in microfluidics, biosensing, and translational applications. Let’s build the future of high-throughput testing together!
Descrição da Dissertação: Development of an innovative human skin-microbiome-on-chip to investigate nanomaterials host-microbiome interactions.
Período: 2025/2026.
Instituto de Fisiologia - FMUL

Instituição: Instituto de Fisiologia – FMUL
Nome do Responsável: Bruno Miranda; Pedro Rocha
Contactos: bruno.miranda@edu.ulisboa.pt; pedro.rocha@medicina.ulisboa.pt
Área de atuação: Área na neurologia clínica e neurociência computacional
Tema da Dissertação: O impacto do ambiente urbano na navegação espacial de doentes com defeito cognitivo ligeiro (área na neurologia clínica e neurociência computacional)
Descrição da Dissertação: Este projeto visa estudar o impacto do ambiente urbano na navegação espacial de doentes com defeito cognitivo ligeiro. Para isso, utilizamos técnicas de realidade virtual e neuroimagem para estudar as representações neuronais do cérebro dos doentes depois de manipularmos o ambiente envolvente, comparando-a com a de controlos saudáveis. Durante o projeto, o candidato terá contacto com dados multimodais (comportamentais, neurofisiológicos, eye tracking, e neuropsicológicos) com o objetivo de explorar disfunções na cognição espacial tanto no cérebro saudável como no cérebro doente.
Período: Ano lectivo 2025/2026
Fundação Champalimaud

Instituição: Fundação Champalimaud
Nome do Responsável: Francisco Oliveira ou Paulo Ferreira
Contacto: francisco.oliveira@fundacaochampalimaud.pt ou paulo.ferreira@fundacaochampalimaud.pt
Área de atuação: Radiopharmacology
Tema da Dissertação: https://www.fchampalimaud.org/research/groups/durval-costa
Descrição da Dissertação: https://www.fchampalimaud.org/research/groups/durval-costa
Período: Ano letivo 2025/2026 (desde outubro/novembro de 2025).
Instituto de Investigação e Inovação em Saúde

Instituição: Instituto de Investigação e Inovação em Saúde (i3s)
Nome do Responsável: Marco Araújo
Contacto do Responsável: marco.araujo@i3s.up.pt
Área de atuação: Desenvolvimento de biomateriais para medicina regenerativa.
Tema da Dissertação: Desenvolvimento de biomateriais para medicina regenerativa
Descrição da Dissertação: O estagiário selecionado integrará o grupo de investigação Biofabrication (i3S) e estará encarregado de atividades de investigação conducentes ao desenvolvimento de biomateriais para aplicação em regeneração de tecidos, mais concretamente pele e osso. O projeto inclui modificação química de polímeros e técnicas de biofabricação conducentes ao desenvolvimento dos biomateriais. Estes serão caracterizados quanto à sua estrutura, propriedades físico-químicas, mecânicas e atividade biológica. A investigação a realizar será sempre baseada na aplicação, translação e valorização do produto, com o objetivo de proporcionar um substituto ósseo diferenciador e que criará impacto na sociedade.
Período: ‘01/09/2025.
i3s - Instituto de Investigação e Inovação em Saúde

Instituição: Instituto de Investigação e Inovação em Saúde – i3s
Nome do Responsável: Delfim Duarte
Contactos: delfimd@med.up.pt
Área de atuação: Hematopoiesis and Microenvironments.
Tema da Dissertação: Estabelecimento de modelo de bone marrow (BM)-on-a-chip.
Descrição da Dissertação: Estabelecimento de modelo de bone marrow (BM)-on-a-chip para estudar as interações das células de leucemia com o microambiente.
Período: Flexível.
4ALL Software

Instituição: 4ALL Software
Nome do Responsável: Benjamin Fonseca
Contacto: benjamim.fonseca@4all-software.com
Tema da Dissertação: Área da Informática
Descrição da Dissertação: Área da Informática
Período: 9 meses
Association Patient Innovation

Instituição: Association Patient Innovation
Nome do Responsável: Maria João Jacinto
Contacto: maria.joao.jacinto@patient-innovation.com
Áreas de atuação: Flexibilidade dentro do tema de inovação pelo utilizador nos cuidados de saúde
Descrição da Dissertação: Flexibilidade dentro do tema de inovação pelo utilizador nos cuidados de saúde.
Período: aberto a negociação
ByMe Information Technology & Health Care

Instituição: ByMe Information Technology & Health Care
Nome do Responsável: Ernesto Palhares
Contacto: ernesto.palhares@byme.pt
Área de atuação: Informática Médica
Tema da Dissertação: Temos flexibilidade no que ao tema de Dissertação diz respeito desde que se enquadre na área de atuação da empresa.
Descrição da Dissertação: Temos flexibilidade no que ao tema de Dissertação diz respeito desde que se enquadre na área de atuação da empresa.
Período: Existe flexibilidade
ICVS - Escola de Medicina, Universidade do Minho

Instituição: ICVS – Escola de Medicina, Universidade do Minho
Nome do Responsável: João Filipe Oliveira
Área de atuação: Neurociência e Biologia Molecular
Tema da Dissertação: Following the stars to understand neuron-astrocyte interactions in brain function to treat depression
Descrição da Dissertação: The dissertation topic and structure will be discussed with the student. Recording and decoding neuronal activity to assess the role of star-shaped astrocytes in the control function of cortico-hippocampal circuits involved in the pathophysiology of depression. By assessing its neural signatures during learning and memory tasks, we expect to dissect the net role of astrocytes in these functions. These results will ultimately provide insights into the roles of astrocytes in the human brain in health and in the context of depression. This project aims to elucidate the role of astrocytes in the function of cortico-hippocampal circuits underlying depression, employing neuronal recordings in vivo. The work plan may include (to be discussed with the student) all the experimentation from (1) manipulation and testing of animal models and electrophysiological techniques to record spikes and local field potentials in anesthetized or freely behaving animals; (2) analysis and interpretation of results linked to the behavioral performance of mice. This way, the student will benefit from a flexible experimental approach, including electrode construction, surgery, electrophysiological recording, behavioral analysis, and signal analysis and interpretation. Our laboratory has all the equipment, technical requirements, and reagents available for the project. This project is part of our recently funded laCaixa Foundation Grant to study the physiology of cortico-limbic circuits involved in cognition and depression. The overall budget is 0.5 million euros and includes support to carry out these MSc dissertations and fellowships to pursue a PhD. More information under: https://fundacionlacaixa.org/en/caixaresearch-health-call-2021-project-depression-therapies
Período: To discuss with the student
ICVS - Escola de Medicina, Universidade do Minho

Instituição: ICVS – Escola de Medicina, Universidade do Minho
Nome do Responsável: Ricardo Silvestre e Marta Araújo
Contactos: ricardosilvestre@med.uminho.pt e id10767@alunos.uminho.pt
Área de atuação: Informática Médica
Tema da Dissertação: Dinâmica do Tecido Adiposo na Imunopatogénese da Leishmaniose Visceral
Descrição da Dissertação: A leishmaniose visceral (LV) é uma doença negligenciada causada pelo protozoário Leishmania, prevalente em regiões tropicais e subtropicais, afetando milhões de pessoas em todo o mundo. Investigações recentes indicam que a obesidade é um fator de risco significativo para a infeção, impactando a progressão da doença e a resposta ao tratamento. O tecido adiposo desempenha um papel crucial nas respostas imunológicas, desafiando o seu papel convencional como apenas um reservatório de energia. Propõe-se que os parasitas Leishmania colonizem o tecido adiposo, que pode servir como um reservatório eficaz contra terapias anti-Leishmania. Os adipócitos, como principais locais de armazenamento de lípidos, oferecem um ambiente favorável para a persistência do parasita. A Leishmania manipula o metabolismo energético e as estruturas subcelulares dos macrófagos hospedeiros, influenciando as suas funções efetoras. Essas adaptações atendem às necessidades energéticas do parasita e afetam a diferenciação celular e as respostas imunológicas, que são cruciais para a sobrevivência ou eliminação do parasita. A identificação desses mecanismos pode revelar novos alvos terapêuticos para combater a LV, especialmente em populações obesas onde o impacto da doença é significativo.
Período: Setembro-Maio (9 meses)
ICVS - Escola de Medicina, Universidade do Minho

Instituição: ICVS – Escola de Medicina, Universidade do Minho
Nome do Responsável: Cláudia Nobrega
Contacto: claudianobrega@med.uminho.pt
Área de atuação: Neuroimunologia
Tema da Dissertação: Inflammation at the nervous system interfaces
Descrição da Dissertação: Multiple sclerosis (MS) is a highly debilitating autoimmune disease of the central nervous system that affects more than 2.3 million people worldwide, and over 5000 in Portugal. This autoimmune disease is mediated to a great extent by autoreactive T cells. The initial course of MS follows one of two paths: the relapse-remitting (RRMS) and the primary progressive (PPMS), the former representing 85-90% of total MS cases. The natural progression of MS increases treatment-related costs and impacts highly on patient’s wellbeing which highlights the urgency to find a cure or treatment to halt disease progression (1). Autologous hematopoietic stem cell transplantation (aHSCT), devoted to the most severe forms of disease, leads to a relevant delay of disease progression and, in 3 out of 10 patients, to suppression of disease manifestation assessed 10 years following aHSCT (2). These trials’ success suggests that newly differentiated T cells, generated by the patient thymus, do not directly drive MS. Two main exciting hypotheses need to be tested: are the circumstances that lead to the differentiation and activation of autoreactive T cells transitory (ie. happening before disease onset), and/or rely on a slow and progressive process that takes several years to manifest. Addressing these hypotheses is the main goal of this proposal. To tackle these issues, the project is based on a cohort of newly-diagnosed RRMS and PPMS patients, and healthy controls (HC). Studying MS patients in such an initial phase of the disease manifestation is essential to identify immunological alterations, specifically at the T cells’ level, closer to the initial events that drive MS. In contrast to the reported prematurely aged immune system in MS patients (e.g. (3)) our results show that newly-diagnosed RRMS patients have lower overall percentages and numbers of memory CD4+ and CD8+ T cells, suggestive of general T cells alterations at disease onset (Annex1). To identify these modifications, we will first undertake an exploratory approach by evaluating the transcriptional profile of T cell subsets, at the single cell level. We will first focus on the most immature RTE, to the naïve and memory T cells, though we expect other T cell subsets to arise based on the transcriptome analysis. As blood T cells’ phenotype tips towards a less activated phenotype in newly-diagnosed MS patients, we will perform functional assays that will allow us to understand if, in these patients,: i) naïve T cells have impaired homeostatic proliferation [upon stimulation of CD31+ naïve T cells (RTE) with IL7]; ii) the T cell receptor activation threshold is altered thus impairing differentiation of naïve T cells into the memory phenotype; iii) memory T cells are less proliferative and/or more prone to die upon stimulation with specific (myelin peptides) or unspecific stimuli; iv) overall memory T cells are more prone to migrate to tissues. All these analyses will be performed in newly-diagnosed RRMS patients, and HC.
Período: a discutir com o candidato
i3S Instituto de investigação e Inovação em Saúde

Instituição:i3S Instituto de investigação e Inovação em Saúde
Nome do Responsável: João Morais Cabral
Contacto: jcabral@ibmc.up.pt
Área de atuação: Biofísica/Bioquímica
Tema da Dissertação: Biofísica/Bioquímica
Descrição da Dissertação: Sensores de fluorescência; simulação computacional de redes de sinalização biológicas
Período: Ano letivo
i3S Instituto de investigação e Inovação em Saude

Instituição: i3S Instituto de investigação e Inovação em Saúde
Nome do Responsável: Sónia Melo
Contacto: smelo@i3s.up.pt
Área de atuação:
Tema da Dissertação: Uncover novel therapeutic strategies for pancreatic cancer
Descrição da Dissertação: Study the communication axis between pancreatic tumors and the thymus to determine the role of the tumor in the establishment of immune tolerance at a distance.
Período: Julho/Agosto 2024 – Junho/Setembro 2025
Bioprosthetics Inc

Institution: Bioprosthetics Inc
Address: 550 South College Ave, Suite 110, Newark DE 19713 USA
Email: info@bioprostheticscorp.com
Contact: Dr. Arun Kumar
Areas Of Expertise: Biomedical Engineering , Cell and Tissue Engineering
Brief Company´s Description: Bioprosthetics Inc, a biomedical research company dedicated to the development of 3D-printed bone grafts, skin grafts, and eye lenses. Our team consists of scientists, surgeons, biomedical engineers, and professors, all deeply committed to improving the quality of human life.
Brief Description of the project and the candidate role: The project will be on Bioprosthetics design and 3D Bioprinting of tissues and Bone graft
Period: During the training period
Additional Comments: If students will perform well it is possible to give students a project to further continue with company to possible pay stipend.
Laboratório de Biomecânica e Morfologia Funcional

Institution: Laboratory of Biomechanics and Functional Morphology
Name of Person Responsible: Sílvia Cabral
Contact: labneuromechanics@fmh.ulisboa.pt
Area of expertise: Rehabilitation and Biomechanics
Dissertation Topic: Possibilities:
1. Changes in movement resulting from aging
2. Assessment of mechanical load on the musculoskeletal system in children with Cerebral Palsy
3. Occupational Biomechanics (mechanical factors related to work-related injuries)
4. Biomechanical factors associated with sports injuries (particularly anterior cruciate ligament injury and hamstring tears)
5. Biomechanical factors associated with sports performance (particularly using different vertical jumps as tests)
Dissertation Description: Within the various themes, depending on the course of the projects in the laboratory and the student’s motivations, the work may involve:
– Validation of motion analysis technology (themes 1, 3 and 5)
– Rigid body modeling (all topics)
– Musculoskeletal modeling (theme 2 and 4)
– Collection of movement data (all themes) – Development of command lines (the software will depend on the theme) and reports with movement data (all themes)
Period: 1 academic year
CNC-UC | Centro de Neurociências e Biologia Celular

Instituição: CNC-UC | Centro de Neurociências e Biologia Celular
Nome do Responsável: Ana Rita Álvaro
Contacto: ritaa80@cnc.uc.pt
Área de atuação: Bioinformática
Tema da Dissertação: Avaliação do impacto das doenças do sono e doenças associadas com a idade em mecanismos de regulação dos ritmos biológicos
Descrição da Dissertação:
i) Explorar o impacto da SAOS e da insónia nos relógios biológicos;
ii) Criar um sistema de biomarcadores dos dois distúrbios do sono mais prevalentes (SAOS e insónia), com aplicação clínica;
iii) Avaliar o impacto da SAOS e da insónia nas características celulares e moleculares do envelhecimento;
iv) Realçar a importância do diagnóstico precoce para evitar o desenvolvimento de comorbidades;
v) Reforçar a importância de aumentar a sensibilização sobre um sono saudável para atrasar o envelhecimento e as doenças associadas à idade.
Período: Todo o ano
NOTA: Dissertação a iniciar, idealmente, a partir de Setembro de 2024
BestHealth4u

Instituição: BestHealth4u
Nome do Responsável: Nelson Oliveira
Contacto: 937152575
Áreas de atuação: a analisar na altura, mas será nas áreas de biomateriais e machine learning
Descrição da Dissertação: a analisar com o alun@
Período: o ano letivo, mas analisaremos com maior detalhe na altura
Comentário Adicional: Estamos disponíveis para um estágio emprego em meio empresarial (IEFP) e teses de doutoramento em meio empresarial
HWMed

Instituição: HWMed
Nome do Responsável: Pedro Moreira
Contacto: pedro.moreira@hwmed.pt
Tema da dissertação: Tema relacionado a área de Engenharia Clínica
Descrição da dissertação: gestão de tecnologias médicas, ferramentas de qualidade na gestão e melhoria da manutenção, Avaliação de tecnologias em saúde, Custo total de oportunidade (TCO), avaliação de investimento na área da Saúde, etc.
Período: A definir
iLoF

Instituição: iLoF
Nome do Responsável: Bruno Silva
Contacto: bsilva@ilof.tech
Áreas de atuação: Flexible – Personalized medicine
Descrição da Dissertação: Flexible – to be adapted together with candidate and faculty
Período: Any time – ongoing program
ICVS - Escola de Medicina, Universidade do Minho

Instituição: ISR | Instituto de Sistemas e Robótica
Nome do Responsável: Helder Araújo
Contactos: helder@isr.uc.pt / 239 796 216
Área de atuação: Visão por Computador
Tema da Dissertação: Análise de imagens de cápsulas endoscópicas multi-câmara
Descrição da Dissertação:
1-Melhoria da imagem,
2-Super-resolução,
3-Detecção de lesões em múltiplas imagens do mesmo tracto
Período: 2º Semestre de 23/24 ou 1º Semestre de 24/25
Instituto Politécnico de Viana do Castelo - proMetheus - Research Unit on Materials, Energy and Environment for Sustainability

Instituição: Instituto Politécnico de Viana do Castelo – proMetheus – Research Unit on Materials, Energy and Environment for Sustainability
Nome do Responsável: Luís Rocha
Contactos: laugustorocha@estg.ipvc.pt/ 962931420
Área de atuação: Biomateriais
Tema da Dissertação: It can be developed within the following fields:
– Surface biofunctionalization of titanium-based materials for orthopaedic implants (balance between osteogenic, antibacterial, corrosion and wear resistance);
– 3D printing of Ti-based composites reinforced with ceramic particles;
– Investigation of fatigue-corrosion mechanisms of 3D printed Ti-based composites.
Descrição da Dissertação: Part of the dissertation can be carried out in other National or International Institutions. All topics can involve biological tests (involving bone cells and/or microorganisms)
Período: Setembro 2024 – Junho 2025
INL | International Iberian Nanotechnology Laboratory

Instituição: INL | International Iberian Nanotechnology Laboratory
Nome do Responsável: Ana Ribeiro
Contactos: ana.ribeiro@inl.int / 913 914 535 / 253 140 112
Área de atuação: Engenharia de Células e Tecidos
Tema da Dissertação: Desenvolvimento de um sistema de microbioma da pele em chip para testes de cosméticos.
Descrição da Dissertação: Desenvolvimento de um sistema de pele em chip integrado com sensores para avaliação da toxicidade de cosméticos.
Período: 1 ano
LABIOMEP | Laboratório de Biomecânica do Porto

Instituição: LABIOMEP | Laboratório de Biomecânica do Porto
Nome do Responsável: Maria João Jacinto
Contacto: info@labiomep.up.pt
Áreas de atuação: Biomecânica
Descrição da Dissertação: A eventual recepção de estudantes deverá decorrer por solicitação do estudantes e de um orientador da respetiva orientação. O LABIOMEP poderá acolher o estudante para a realização dos trabalhos experimentais numa modalidade de colaboração inter-institucional e com objetivos definidos por ambas as partes.
Período: aberto a negociação
Laboratório de Função Neuromuscular

Instituição: Laboratório de Função Neuromuscular
Nome do Responsável:
Contacto: jpaulo@isr.uc.pt
Área de atuação: Machine Learning (Bioinformática)
Tema da Dissertação: Brain-computer interfaces; Machine learning applied to autism
Descrição da Dissertação: The candidate will have the opportunity to integrate different projects in the context of brain-computer interfaces as well as the study of autism spectrum disorder through machine learning appled to EEG and 3D motion.
Período: Qualquer
Laboratório de Função Neuromuscular

Instituição: Laboratório de Função Neuromuscular
Nome do Responsável: Gonçalo Mendonça
Contactos: gmendonca@fmh.ulisboa.pt; andrediasgonca@gmail.com
Área de atuação: Fisiologia do Exercício
Tema da Dissertação: The influence of nociception on exercise induced fatigue: the analgesic role of acute exercise and long-term training of different exercise modalities
Descrição da Dissertação: O projeto de investigação compreende dois estudos onde se pretende comparar o efeito analgésico local e sistémico do exercício agudo (estudo 1) e treino crónico de 6 semanas (estudo 2) de três estímulos diferentes (exercício aeróbio, anaeróbio e de força muscular) relacionando-o com a dessensibilização do metaboreflexo (aferências nervosas do tipo III e IV). Como métodos de avaliação, serão utilizados o teste de tolerância a um estímulo térmico (frio), limiar de dor a estímulo de pressão (algómetro), dinamometria isocinética com eletroestimulação nervosa percutânea, equipamento de restrição vascular, prova de esforço cardiorrespiratória com análise de gases e teste de Wingate
Período: 2024/2025
Laboratório de Função Neuromuscular

Instituição: Laboratório de Função Neuromuscular
Nome do Responsável: Sandro Freitas
Contacto: sfreitas@fmh.ulisboa.pt
Área de atuação: Fisiologia do Exercício
Tema da Dissertação: Desenvolvimento de providência de análise avançada de sinais biológicos de futebolistas
Descrição da Dissertação: Saúde, Performance e Bem Estar
Período: 24/25 e anos seguintes
Lysosomes & Disease Lab

Instituição: Lysosomes & Disease Lab
Nome do Responsável: Otilia Vieira
Contactos: otilia.vieira@nms.unl.pt | 969 027 559
Área de atuação: Biologia Celular e Molecular
Tema da Dissertação: O tema é flexível, no entanto que tem de se enquadrar dentro dos interesses do laboratório, nomeadamente no estudo da aterosclerose.
Descrição da Dissertação: O plano de trabalhos é escrito em conjunto com o estudante e tendo em conta os seus interesses, os interesses do laboratório e os recursos disponíveis. Os modelos de linhas celulares permitem o estudo da doença de forma reprodutível e fiável, no entanto têm as suas limitações e por isso também podemos recorrer a modelos animais ou a outro tipo de modelos como por exemplo os organoides.
Período: 1 ano para mestrados ou 4 anos para doutoramentos
Lean Health Portugal

Instituição: Lean Health Portugal
Nome do Responsável: Rui Cortes
Contacto: 937887131
Áreas de atuação: Digital Twins, Modelos Preditivos em Saúde e Ferramentas de Apoio à Decisão
Período: Dependente do calendário da Instituição
LIBPHYS - Biosignals Group

Instituição: LIBPHYS – Biosignals Group
Nome do Responsável: Hugo Gamboa
Contacto: hgamboa@fct.unl.pt / 962 611 197
Área de atuação: Reabilitação e Biomecânica Tema da Dissertação: Engenharia Biomédica – Eletrofisiologia
Descrição da Dissertação: Estudo preliminar da condução nervosa usando eletroestimulação e eletromiografia de alta resolução temporal no membro inferior. O candidato apoiará na recolha e processamento dos biossinais.
Período: A decidir após contacto inicial
Nova Medical School

Instituição: Nova Medical School
Nome do Responsável: Miguel Seabra
Contactos: miguel.seabra@nms.unl.pt | 969 027 559
Área de atuação: Biologia Celular e Molecular
Tema da Dissertação: Novas terapias para doenças na retina
Descrição da Dissertação: Temos vários temas de interesse para tese de dissertação, incluindo “anti-ageing drugs in AMD”, “Nrf2 activators in AMD”, “Melanin as a protective factor in AMD”, “Mechanisms of cell death in Choroideremia”
Período: A partir de fevereiro 2024
Lean Health Portugal

Instituição: Nova Medical School
Nome do Responsável: Cláudia Almeida
Contacto: claudia.almeida@nms.unl.pt / 969 941 245
Área de atuação: Machine Intelligence Tema da Dissertação: Machine intelligence applied to phenotypic profiling of Alzheimer disease subtypes
Descrição da Dissertação: Existe flexibilidade. Diferentes possibilidades incluem “The candidate will initiate a novel project in the lab focused on using machine intelligence applied to phenotypic profiling of Alzheimer disease subtypes. The work will involve creating a repository of microscopy images, fine-tuning image analysis pipelines using machine learning or deep learning.”
Período: A decidir após contacto inicial
Nova Medical School

Instituição: Nova Medical School
Nome do Responsável: João Ferreira
Contactos: joao.ferreira@nms.unl.pt | 218 803 101
Área de atuação: Biologia Celular e Molecular
Tema da Dissertação: The study of extracellular vesicles in inter-tissue and inter-organ communication Descrição da Dissertação: Extracellular vesicles, represent the emerging regulators of organismal function, akin to what hormones have been traditionally recognized for. In light of this, my research endeavors in the forthcoming years will be intrinsically linked to the study of EVs in inter-tissue and inter-organ communication.
Período: 1 ano (setembro a setembro)
IPDJ- CARJamor

Instituição: IPDJ- CARJamor
Nome do Responsável: A designar pelo CarJamor Contacto: carjamor@ipdj.pt
Tema da dissertação e área de atuação: Áreas relacionadas com a otimização do rendimento desportivo e a prevenção e recuperação de lesões.
Descrição da Dissertação: Abertura às propostas dos estudantes, desde que contribuam para melhoria da preparação dos atletas.
Período: A combinar com o estudante.
Padrão Ortopédico

Instituição: Padrão Ortopédico
Nome do Responsável: Carolina Coraini
Contacto: 919294029
Tema e descrição da dissertação: Novos produtos/processos na área da ortoprotesia.
Período: Este tempo é atribuído tendo em conta os critérios de cada Universidade
Safe AI [4U]

Instituição: Safe AI [4U]
Nome do Responsável: David Belo
Contacto: david.belo@safe-ai-4u.eu
Áreas de atuação: AI aplicado a biosinais, Utilização de dados sintéticos, AI em medicina, AI responsável
Descrição da Dissertação: Análise e processamento de biosinais (ex:ECG) com AI, incorporação de dados sintéticos nessa análise como forma de melhorar a performance, outras aplicações de AI em medicina, ética e responsabilidade em AI
Período: De 01/09/2024 em diante
Universidade do Minho | Centro de Engenharia Biológica

Instituição: Universidade do Minho | Centro de Engenharia Biológica
Nome do Responsável: Joana Rodrigues
Contacto: joanarodrigues@deb.uminho.pt
Áreas de atuação: Bioengenharia
Tema da Dissertação: Biosynthesis optimization of the therapeutic compound curcumin using engineered Saccharomyces cerevisiae and evaluation of its antimicrobial activity
Descrição da Dissertação: Curcumin is a polyphenolic compound extracted from the plant Curcuma longa applied as food additive and in traditional medicine due to its several therapeutic properties, including antioxidant, anti-inflammatory, anticancer activity, anti-Alzheimer, antimicrobial, among others. Curcumin is obtained from C. longa with low yields as a mixture with other curcuminoids with different therapeutic activities. Pure curcumin is very expensive, but important to determine its therapeutic activity without interferences. Given its high therapeutic potential, biosynthetic pathways for its production were constructed in our research group (10.1002/biot.202100400; 10.1128/MMBR.00031-14; 10.1016/j.enzmictec.2015.01.001; 10.3389/fbioe.2020.00059; 10.1016/j.bej.2017.05.015). Recently, Saccharomyces cerevisiae strain was successfully engineered to produce curcumin from glucose and industrial by-products although with low titers (unpublished). Currently, the engineered strain and pathway need to be optimized regarding extender substrate (malonyl-CoA) and methyl donor substrate (S-adenosyl methionine) availability. The optimization of the engineered strain may involve strategies such as increasing or supressing the expression of key enzymes using state-of-the-art technologies such as CRISPR-Cas9. In addition, other endogenous modifications may be performed based on in silico results obtained by bioinformatic analysis. Finally, the fermentation conditions need to be optimized to facilitate curcumin production and the antimicrobial activity of pure biosynthetic compound needs to be evaluated. The objective of this study is to enhance curcumin production in S. cerevisiae using CRISPR-Cas9 to improve the host. The specific goals of the research project are as follows: – Optimization of fluxes in order to increase the availability of malonyl-CoA and SAM, which are key extender and methyl donor substrates, respectively. This can be achieved by deleting or overexpressing native yeast genes or by introducing heterologous genes with better performance; – Implementation of genetic modifications based on previous obtained bioinformatic analysis results to further improve the production of curcumin; – Optimization of fermentation conditions; – Evaluation of biosynthetic curcumin antimicrobial activity against several pathogenic bacteria.
Universidade do Minho | Centro de Engenharia Biológica

Instituição: Universidade do Minho | Centro de Engenharia Biológica
Nome do Responsável: Clarisse Nobre
Contacto: clarissenobre@ceb.uminho.pt
Áreas de atuação: Biotecnologia e Bioengenharia da saúde
Tema da Dissertação: The role of prebiotics in microbiota-brain damage in obesity
Descrição da Dissertação: Current non-invasive treatments lack efficacy in combating the worldwide emergent epidemic of obesity. Obesity is related to unbalanced gut microbiota which directly affects the brain. Prebiotics consumption, which are non-caloric sugars, may act as an alternative treatment to obesity. In this project, a clinical trial will be developed at the Hospital of Braga to collect data on microbiota (gut bacteria identification – 16S metagenomics), and brain functioning (brain imaging) before and after treatment with prebiotics. In the lab, in-vitro trials will simulate the reversion of microbiota in bioreactors simulating the human colon. The project will be developed at the Hospital of Braga and CEB, in collaboration with the CiPsi-Psychology Research Centre. The aim of this study is to determine the possibility of reversing obesity by improving the composition/functioning of the gut microbiota with prebiotics, and study the interplay between obesity, gut microbiota, and brain functioning, a totally unexplored research field with major clinical applications. Objective 1) Implement a randomized clinical trial – Individuals with obesity will be recruited. For 3 months participants will consume daily a prebiotic/placebo. It will be analyzed i) their microbiota profile, and ii) their neurofunctional activity (rs-fMRI) before and after intervention. Objective 2) Study in-vitro the evolution of the microbiota composition – Stool samples collected in the clinical trial will be tested. Stool fermentation with/without prebiotic supplementation will be tested. Analysis: gut bacterial population changes (qPCR) and microbiota metabolites released during the fermentation: SCFA, ammonia, LPS, and hormones related to appetite control – Serotonin, GABA (HPLC and selected kits).
Período: 12 meses, a começar até setembro de 2024
Universidade do Minho | Centro de Engenharia Biológica

Instituição: Universidade do Minho | Centro de Engenharia Biológica
Nome do Responsável: Ângela França
Contacto: afranca@ceb.uminho.pt
Áreas de atuação: Biotecnologia e Bioengenharia da saúde
Tema da Dissertação: Estudo dos mecanismos de resistência a antibióticos em estafilococos coagulase-negativos
Descrição da Dissertação: As bactérias do grupo estafilococos coagulase negativas (do inglês coagulase-negative staphylococci, CoNS) são uma causa frequente de infeções associadas ao uso de dispositivos médicos, devido à sua capacidade de colonizarem estes dispositivos e formarem biofilmes. Os biofilmes protegem as bactérias da resposta do sistema imunitário e da ação dos antibióticos. Por isso, as infeções causadas por biofilmes de CoNS, as quais afetam maioritariamente pacientes imunocomprometidos e bebés prematuros, são cada vez mais difíceis de tratar, resultando num aumento das taxas de morbilidade e mortalidade. É, por isso, importante caracterizar a resposta desta bactéria durante a infeção para tentar desenvolver estratégias de prevenção e/ou tratamento mais direcionadas e mais eficientes. Neste tema o candidato teria como funções realizar experiências básicas de microbiologia (crescimento bacteriano, formação de biofilmes, técnicas de quantificação de biofilmes) e de biologia molecular (extração de RNA, PCR, PCR quantitativo). Para além das competências práticas, o candidato teria de realizar pesquisa bibliográfica para delinear as experiências descritas e compreender a temática em estudo, bem como integrar os resultados obtidos com a literatura atual.
Período: setembro 2024 – setembro 2025
