Oportunidades de Dissertação
Nesta secção do website da ANEEB apresentamos-te diferentes Oportunidades de Tese disponibilizadas pelas empresas e instituições abaixo listadas. Muitas destas entidades não têm ainda os temas das dissertações definidos, sendo que estes poderão ser posteriormente discutidos mediante os projetos que estiverem a decorrer durante o teu período de dissertação, mediante o que for do teu interesse, e mediante o que for permitido pela tua instituição de ensino. Para saberes mais informações sobre as oportunidades que te apresentamos, deverás entrar em contacto com as entidades através dos respetivos endereços de email.

i3s
Instituição: i3s
Nome do Responsável: Nuno Henrique Franco
Contacto: nfranco@i3s.up.pt
Tema da Dissertação: COMM-FI – Wireless Remote Monitoring and Thermal Regulation Shelter for Laboratory Rodents
Descrição da Dissertação: Desenvolvimento de dispositivo (a partir de protótipo já existente) para manutenção e monitorização de temperatura e sinais clínicos de animais de laboratório, com aplicação no período pós-cirúrgico, mas também de acompanhamento de estados infecciosos e outros. Grande potencial para ter impacto mensurável no bem-estar animal e de translação para outros domínios (e.g. medicina veterinária). Co-orientado por Joaquim Gabriel Mendes, líder do grupo de automação, instrumentação e controlo, da FEUP.
Período: Setembro/Outubro de 2025 – Maio/Junho de 2026

i3s - Grupo de ativação celular e expressão génica
Instituição: i3s – Grupo de ativação celular e expressão génica
Nome do Responsável: Alexandre Carmo
Contacto: acarmo@i3s.up.pt
Áreas de atuação: Grupo de Ativação celular e expressão génica
Tema da Dissertação: Role of CD5L in inflammation
Descrição da Dissertação: Sepsis remains a leading cause of death worldwide, presenting a significant challenge to global health despite extensive research efforts. This syndrome is characterized by an uncontrolled inflammatory response, which is frequently followed by immunosuppression.While sepsis can be triggered by a variety of microorganisms, bacterial lung infections account for a substantial proportion of these cases. Members of the scavenger receptor cysteine-rich (SRCR) family exhibit notable antiinflammatory properties, in addition to their role in pathogen recognition. One such protein, CD5L, circulates in the blood and has been linked to the recognition and neutralization of both Gram-positive and Gram-negative bacteria. Furthermore, CD5L has been shown to modulate inflammation in both in vitro and in vivo models. Our recent research demonstrated that CD5L improves survival in murine models of sterile and abdominal sepsis. In light of these findings, we now aim to enhance the relevance of preclinical models by investigating CD5L’s role in primary and secondary pulmonary sepsis, using clinically relevant pathogens. To achieve this, we will use CD5L-deficient and wild-type control mice to establish two sepsis models: 1) primary lung infection with the Gram-negative bacterium Klebsiella pneumoniae, and 2) a “double-hit” model that involves a primary insult (e.g., abdominal surgery) followed by secondary lung infection with Pseudomonas aeruginosa, the most common pathogen responsible for intensive care unit-acquired pneumonia. We will then analyze the molecular and cellular responses in the presence and absence of CD5L in these models. In the bloodstream, CD5L binds to IgM pentamers through the Fc region, preventing renal excretion and thereby maintaining high serum levels. However, this interaction renders CD5L immunologically inactive. Our previous work demonstrated that increasing the levels of free, biologically active CD5L is crucial for its protective effects against lethal sepsis. To address this, we will engineer the protein by selecting relevant domains and introducing point mutations to key residues, thereby enhancing its bioavailability without compromising its therapeutic efficacy. This comprehensive approach will deepen our understanding of CD5L’s role in sepsis and provide valuable insights for the development of much-needed therapeutic interventions against this deadly condition.
Período: Setembro a Junho/Julho

BestHealth4U
Instituição: BestHealth4U
Nome do Responsável: Nelson Oliveira
Contacto: sonia.ferreira@besthealth4u.pt 939362036
Área de atuação: Informática Médica
Tema da Dissertação: Informática Médica
Descrição da Dissertação: Desenvolvimento de algoritmo para monitorização remota de feridas.
Período: 2025/2028

Safe AI [4U]
Instituição: Safe AI [4U]
Nome do Responsável: David Belo
Contacto do Responsável: david.belo@safe-ai-4u.eu
Área de atuação: IA aplicada à Geração de dados fisiológicos sintéticos.
Tema da Dissertação: Geração de dados fisiológicos sintéticos (ECG, EMG ou ACC)
Descrição da Dissertação: A geração de dados fisiológicos utilizando inteligência artificial (IA) representa um campo promissor para a melhoria da investigação biomédica, monitorização de pacientes e desenvolvimento de modelos de aprendizagem automática robustos para aplicações em saúde. Esta tese explora técnicas de síntese de sinais fisiológicos, como eletrocardiogramas (ECG), eletroencefalogramas (EEG) e fotopletismogramas (PPG), utilizando modelos generativos, incluindo Autoencoders Variacionais (VAEs) e Redes Generativas Adversariais (GANs). O estudo investiga o potencial dos dados fisiológicos sintéticos na melhoria das ferramentas de diagnóstico baseadas em IA, reduzindo a dependência de dados reais de pacientes e enfrentando desafios relacionados com a escassez de dados e a privacidade. A abordagem proposta foca-se na garantia de realismo, variabilidade e relevância clínica dos sinais gerados, assegurando simultaneamente a conformidade com normas éticas e regulamentares. Adicionalmente, este trabalho avalia a aplicação de dados fisiológicos sintéticos no treino de modelos de aprendizagem automática, analisando o impacto no desempenho dos modelos, na capacidade de generalização e na mitigação de viés. São exploradas metodologias de validação, comparando os sinais gerados com conjuntos de dados reais através de métricas estatísticas e clínicas. Os resultados desta tese contribuem para o avanço da geração de dados fisiológicos por IA, permitindo uma investigação biomédica mais segura, acessível e preservadora da privacidade. Esta investigação abre caminho para futuros desenvolvimentos na medicina personalizada, monitorização remota da saúde e diagnósticos assistidos por IA, promovendo, assim, a inovação na interseção entre inteligência artificial e cuidados de saúde.
Período: Qualquer Semestre

CardioID Technologies
Instituição: CardioID Technologies
Nome do Responsável: André Lourenço
Contactos: arl@cardio-id.com
Área de atuação: Processamento de Sinais Cardiacos e Certificação de Dispositivos
Tema da Dissertação: Processamento de Sinais Cardiacos e Certificação de Dispositivos
Descrição da Dissertação: Existe flexibilidade para acolher várias ideas
Período: Semestre Verão e Semestre Inverno

LIBPHYS Biosignals
Instituição: LIBPHYS Biosignals
Nome do Responsável: Hugo Gamboa
Contacto: hgamboa@fct.unl.pt
Área de atuação: Engenharia Biomédica
Tema da Dissertação: Avaliação do impacto de exercício físico com Biofeedback sonoro.
Descrição da Dissertação: Tese no âmbito do projecto AstroPower – Para processar os dados das aquisições do projeto astropower, com medidas de eletrofisiologia em analogos idosos (sujeitos com condições clinicas identicas às experienciadas pelos astronautas). Apoio na sonificação dos biosinais para estimular a geração de potência muscular. Ver mais em www.astro-power.pt. Projeto financiado pela ESA.
Período: 6 meses, a definir com o aluno.

Inovapotek
Instituição: Inovapotek
Nome do Responsável: Clara Costa
Contacto do Responsável: clara.costa@inovapotek.com
Área de atuação: Ensaios de eficácia e segurança.
Tema da Dissertação: Ensaios de eficácia e segurança e ou desenvolvimento do produto e assuntos regulamentares
Descrição da Dissertação: Ensaios de eficácia e segurança e ou desenvolvimento do produto e assuntos regulamentares.
Período: Flexibilidade total

ICNAS/CIBIT
Instituição: ICNAS/CIBIT
Nome do Responsável: Miguel Castelo-Branco
Contactos: mcbranco@fmed.uc.pt
Área de atuação: Imagem Biomédica.
Tema da Dissertação: Imagem biomédica (tema a definir)
Descrição da Dissertação: A definir com o candidato.
Período: Durante o ano lectivo em que esteja matriculado nessa disciplina
Comentário Adicional: contactar directamente o responsavel para saber das oportunidades.

Micoteca da Universidade do Minho - Centro de Engenharia Biológica
Instituição: Micoteca da Universidade do Minho – Centro de Engenharia Biológica
Nome do Responsável: Nelson Lima
Contacto: nelson@ie.uminho.pt
Área de atuação: Biologia Molecular
Tema da Dissertação: Técnicas espectrais e de biologia molecular para rápida identificação de fungos filamentos.
Descrição da Dissertação: poderá ser somente centrada na tecnologia de LAMP (biologia molecular).
Período: de acordo com o calendário escolar da instituição ao que o aluno pertence.
Comentário Adicional: a 1 de Maio a MUM inicia um novo projeto europeu sobre MALDIBank, interligado com técnica de MALDI-TOF MS.

ICVS- Life and Health Sciences Research Institute
Instituição: ICVS- Life and Health Sciences Research Institute
Nome do Responsável: Maria Isabel Veiga
Contacto do Responsável: mariaveiga@med.uminho.pt
Área de atuação: Área de Biomedicina.
Tema da Dissertação: Área de Biomedicina.
Descrição da Dissertação: Sendo este formulário preenchido em nome do instituto, os temas de dissertação serão já bastantes amplos.
Período: 12 meses do ano.

Value for Health CoLAB
Instituição: Value for Health CoLAB
Nome do Responsável: Federico Guede
Contactos: federico.guede@vohcolab.org
Área de atuação: Artificial intelligence in healthcare.
Tema da Dissertação: Artificial intelligence in healthcare.
Descrição da Dissertação: 1) Research AI approaches in healthcare;
2) Study the adoption of AI in healthcare context;
Período: 2025/2026

Fundação Champalimaud
Instituição: Fundação Champalimaud
Nome do Responsável: Miguel Seabra
Contacto: miguel.seabra@research.fchampalimaud.org
Área de atuação: Engenharia Biomédica
Tema da Dissertação: mRNA-based gene editing in the eye
Descrição da Dissertação: Our research group is focused on developing low-cost solutions to gene therapy in the eye so that the benefits of this powerful treatment may be available globally. The strategy is based on adapting mRNA technology to inherited eye diseases and numerous chronic retinal diseases. Our lab has been investigating approaches to combine the in vitro mRNA system delivering gene editing toolswith biomaterial-based systems as a patient-friendly therapy.
Período: Flexível

Instituto de Sistemas e Robótica
Instituição: Instituto de Sistemas e Robótica
Nome do Responsável: Helder Araújo
Contacto do Responsável: helder@isr.uc.pt
Área de atuação: Aplicações de “deep learning”
Tema da Dissertação: Detecção de Patologias em Imagens de Cápsulas Endoscópicas.
Descrição da Dissertação: Aplicações de “deep learning” ou Desenvolvimento de métodos de localização.
Período: 1º ou 2º semestre de 2025/2026.

Cellularis Biomodels
Instituição: Cellularis Biomodels
Nome do Responsável: Professor Dr. Vítor Gaspar
Contactos: cellularis.biomodels@outlook.com
Área de atuação: Engenharia Biomédica.
Tema da Dissertação: Engenharia Biomédica
Descrição da Dissertação: Tema flexível no âmbito da atividade e atuação da empresa, nomeadamente na cultura celular 3D e no desenvolvimento de modelos in vitro de doenças humanas, utilizando diversas técnicas de biofabricação e de engenharia de tecidos.
Período: 9-12 meses

NOVA Medical School, Universidade NOVA de Lisboa
Instituição: NOVA Medical School, Universidade NOVA de Lisboa
Nome do Responsável: Duarte Barral
Contacto: duarte.barral@nms.unl.pt
Área de atuação: Lysosomal Exocytosis in Cancer Progression
Tema da Dissertação: Elucidating the Function of Lysosomal Exocytosis in Cancer Progression
Descrição da Dissertação: The elevated mortality rates associated with cancer are mainly due to the acquisition of invasive capacity by cancer cells, enabling them to spread to distant organs and form metastases. As such, the development of novel therapies targeting cancer cell invasion and metastasis is crucial for mitigating cancer-related morbidity and mortality. In order to achieve this objective, it is essential to understand the molecular mechanisms governing cancer cell invasion and metastasis formation. Recent studies have revealed that various cancer cell types exhibit enhanced lysosome biogenesis, aberrant lysosome morphology and/or activity, and a redistribution of lysosomes from the perinuclear region to the cell periphery, resulting in increased lysosome exocytosis. This allows the release of lysosomal proteases to the extracellular milieu, enhancing extracellular matrix degradation and thus cancer progression, as well as drug resistance. While the association between lysosomal exocytosis and cancer progression is evident, the precise mechanisms controlling these processes remain to be fully elucidated. Further research in this area could potentially unveil novel therapeutic strategies to impair metastasis formation and enhance patient survival. Indeed, targeting lysosomal exocytosis or its regulatory pathways may offer promising avenues for cancer treatment, particularly in addressing invasiveness and chemoresistance in aggressive tumors. Therefore, we aim to: 1) Modulate lysosome exocytosis as a novel therapeutic strategy to impair cancer cell migration and invasion; 2) Establish new cancer diagnostic and prognostic biomarkers, based on the expression levels of lysosome exocytosis regulators. For this, lysosome exocytosis will be impaired in invasive cancers cell lines using genetic and pharmacological approaches. For the genetic approach (Task 1), we will silence known regulators of lysosome exocytosis, such as Rab small GTPases and other genes encoding proteins required for lysosome tethering, docking and fusion with the plasma membrane. In the pharmacological approach (Task 2), cancer cells will be incubated with compounds described to impair lysosome exocytosis. Lysosome exocytosis levels will be monitored by the presence of the lysosomal-associated membrane protein (LAMP)-1 at the cell surface, using flow cytometry, and by measuring the release of the lysosomal enzyme β-hexosaminidase to the culture medium, using an enzymatic assay. Then, we will evaluate cancer cell migration and invasion in 2D, using wound-healing and transwell assays, as well as in 3D, using spheroids (Task 3). Finally, we will use cancer patient samples to evaluate the expression levels of regulators of lysosome exocytosis by western blot and immunohistochemistry (Task 4). Thus, this project will allow us to test a new strategy to impair cancer cell invasiveness, which is an essential process in metastasis formation, and evaluate the use of lysosome exocytosis regulators as cancer biomarkers.
Período: Ano letivo 2025-2026.

International Iberian Nanotechnology Laboratory
Instituição: International Iberian Nanotechnology Laboratory
Nome do Responsável: Ana Ribeiro
Contacto do Responsável: ana.ribeiro@inl.int
Área de atuação: Organ-on-a-chip and skin–microbiome interaction.
Tema da Dissertação: Scalable Skin-on-Chip Platforms for High-Throughput Screening: Accelerating Safer Cosmetics Development Are you interested in merging cutting-edge biophysics with impactful applications in pharmaceutical and cosmetic industries? At the International Iberian Nanotechnology Laboratory, we are developing scalable skin-on-chip platforms designed for high-throughput screening of cosmetics. These advanced microfluidic systems mimic the complexity of human skin, providing physiologically relevant models that can revolutionize product testing. Our research focuses on integrating real-time sensing technologies and automated workflows to evaluate critical parameters such as barrier integrity, metabolic activity, and cellular responses under various conditions. By enabling rapid and reliable assessment of safety and efficacy, our platforms not only enhance product development efficiency but also align with the principles of the 3Rs (Reduce, Refine, Replace), minimizing reliance on animal testing. Join us in this exciting journey at the interface of biophysics, engineering, and toxicology, where your work can drive innovation, improve safety standards, and contribute to a more ethical and sustainable future in science and industry. We invite motivated master’s students in biophysics and related fields to be part of this multidisciplinary research, offering opportunities to develop expertise in microfluidics, biosensing, and translational applications. Let’s build the future of high-throughput testing together!
Descrição da Dissertação: Development of an innovative human skin-microbiome-on-chip to investigate nanomaterials host-microbiome interactions.
Período: 2025/2026.

Instituto de Fisiologia - FMUL
Instituição: Instituto de Fisiologia – FMUL
Nome do Responsável: Bruno Miranda; Pedro Rocha
Contactos: bruno.miranda@edu.ulisboa.pt; pedro.rocha@medicina.ulisboa.pt
Área de atuação: Área na neurologia clínica e neurociência computacional
Tema da Dissertação: O impacto do ambiente urbano na navegação espacial de doentes com defeito cognitivo ligeiro (área na neurologia clínica e neurociência computacional)
Descrição da Dissertação: Este projeto visa estudar o impacto do ambiente urbano na navegação espacial de doentes com defeito cognitivo ligeiro. Para isso, utilizamos técnicas de realidade virtual e neuroimagem para estudar as representações neuronais do cérebro dos doentes depois de manipularmos o ambiente envolvente, comparando-a com a de controlos saudáveis. Durante o projeto, o candidato terá contacto com dados multimodais (comportamentais, neurofisiológicos, eye tracking, e neuropsicológicos) com o objetivo de explorar disfunções na cognição espacial tanto no cérebro saudável como no cérebro doente.
Período: Ano lectivo 2025/2026

Fundação Champalimaud
Instituição: Fundação Champalimaud
Nome do Responsável: Francisco Oliveira ou Paulo Ferreira
Contacto: francisco.oliveira@fundacaochampalimaud.pt ou paulo.ferreira@fundacaochampalimaud.pt
Área de atuação: Radiopharmacology
Tema da Dissertação: https://www.fchampalimaud.org/research/groups/durval-costa
Descrição da Dissertação: https://www.fchampalimaud.org/research/groups/durval-costa
Período: Ano letivo 2025/2026 (desde outubro/novembro de 2025).

Instituto de Investigação e Inovação em Saúde
Instituição: Instituto de Investigação e Inovação em Saúde (i3s)
Nome do Responsável: Marco Araújo
Contacto do Responsável: marco.araujo@i3s.up.pt
Área de atuação: Desenvolvimento de biomateriais para medicina regenerativa.
Tema da Dissertação: Desenvolvimento de biomateriais para medicina regenerativa
Descrição da Dissertação: O estagiário selecionado integrará o grupo de investigação Biofabrication (i3S) e estará encarregado de atividades de investigação conducentes ao desenvolvimento de biomateriais para aplicação em regeneração de tecidos, mais concretamente pele e osso. O projeto inclui modificação química de polímeros e técnicas de biofabricação conducentes ao desenvolvimento dos biomateriais. Estes serão caracterizados quanto à sua estrutura, propriedades físico-químicas, mecânicas e atividade biológica. A investigação a realizar será sempre baseada na aplicação, translação e valorização do produto, com o objetivo de proporcionar um substituto ósseo diferenciador e que criará impacto na sociedade.
Período: ‘01/09/2025.

i3s - Instituto de Investigação e Inovação em Saúde
Instituição: Instituto de Investigação e Inovação em Saúde – i3s
Nome do Responsável: Delfim Duarte
Contactos: delfimd@med.up.pt
Área de atuação: Hematopoiesis and Microenvironments.
Tema da Dissertação: Estabelecimento de modelo de bone marrow (BM)-on-a-chip.
Descrição da Dissertação: Estabelecimento de modelo de bone marrow (BM)-on-a-chip para estudar as interações das células de leucemia com o microambiente.
Período: Flexível.